Búsqueda de archivos duplicados

Si necesitás buscar archivos duplicados, aplicando recursión en directorios, y con varios critérios de busqueda, fdupes es la herramienta que necesitás. 

FDUPES(1)

NAME
       fdupes – finds duplicate files in a given set of directories

SYNOPSIS
       fdupes [ options ] DIRECTORY …

DESCRIPTION
       Searches the given path for duplicate files. Such files are found by comparing file sizes and MD5 signatures, followed by a byte-by-byte comparison.
[…]

 En Debian:

aptitude install fdupes

Para el resto de las distribuciones, calculo que se deben seguir las formas tradicionales.